干旱区生态环境知识资源中心(Arid): 高通量测序鉴定中间锦鸡儿干旱条件下的microRNA

Arid

	高通量测序鉴定中间锦鸡儿干旱条件下的microRNA
其他题名	Identification of microRNAs in Caragana intermedia Kuang by High Throughput Sequencing Under Drought Stress
	苏雨萌; 张旭婷; 特日格乐; 田敏; 尚晓蕊; 李国婧; 王瑞刚
来源期刊	中国农业科技导报
ISSN	1008-0864
出版年	2021
卷号	23 期号:3 页码:51-57
中文摘要	中间锦鸡儿分布于干旱和半干旱地区,适应干旱和高温逆境环境,被广泛应用于固沙和水土保持,具有很高的生态价值。microRNA是一类非编码RNA,广泛分布于植物体内,参与干旱、盐、低温等多种胁迫响应。为了鉴定中间锦鸡儿中抗旱相关的miRNA,构建了干旱条件的small RNA文库,通过高通量测序和生物信息学分析,共鉴定得到116个miRNA,88个保守的miRNA属于33个已知miRNA家族和28个新miRNA,差异表达的miRNA中,cin-miR164a、cin-miR164b、cin-miR168a、cin-miR168b在三个干旱处理时间下调表达,cinnovel-3、cin-novel-11 、cin-novel-21在干旱处理1和3 h上调表达,cin-novel-26在干旱处理3 h特异表达;28个新miRNA通过psRNATarget在中间锦鸡儿中预测到582个靶基因,在拟南芥中预测到212个靶基因,大多数靶基因参与干旱胁迫响应。这些为后续研究中间锦鸡儿miRNA响应干旱胁迫奠定了基础。
英文摘要	Caragana intermedia Kuang distributes in the arid and semi-arid area, and it could tolerate drought and extreme temperature, so it is used widely in sand fixation, soil and water preservation with high ecology value. microRNAs are one class of noncoding RNA and ubiquitous in plants,and they involves in response to a wide variety of stresses including drought, salinity, chilling temperature etc. In order to identify the drought-responsive miRNA in C. intermedia,this study constructed small RNA library of C. intermedia under drought stress,screened the drought-responsive miRNAs using high throughput sequencing and bioinformatics analysis. A total of 116 miRNAs were screened,among which 88 conservative miRNAs belonged to 33 known families and 28 novel miRNA were identified. Among the differential expression miRNAs, cin-miR164a,cin-miR164b, cin-miR168a, cin-miR168b in three drought stress treatments were down-regulated compared with the control, and cin-novel-3, cin-novel-11,cin-novel-21 at 1 and 3 h after drought stress were up-regulated compared with the control;cin-novel-26 had a specific expression at 3 h;28 novel miRNA of C. intermedia were predicted 582 target genes in C. intermedia and 212 target genes in Arabidopsis thaliana by psRNATarget database. Most of the target genes responsed to drought stress. These results provided further understanding of miRNA regulation in response to drought stress in C. intermedia.
中文关键词	中间锦鸡儿 ; 干旱胁迫 ; 高通量测序 ; 靶基因预测
英文关键词	microRNA Caragana intermedia Kuang drought stress microRNA high throughput sequencing target gene prediction
类型	Article
语种	中文
国家	中国
收录类别	CSCD
WOS类目	Genetics & Heredity
CSCD记录号	CSCD:6905281
来源机构	内蒙古农业大学
资源类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/354568
作者单位	苏雨萌, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.; 张旭婷, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.; 特日格乐, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.; 田敏, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.; 尚晓蕊, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.; 李国婧, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.; 王瑞刚, 内蒙古农业大学生命科学学院, 植物逆境生理与分子生物学内蒙古自治区重点实验室, 呼和浩特, 内蒙古 010018, 中国.
推荐引用方式 GB/T 7714	苏雨萌,张旭婷,特日格乐,等. 高通量测序鉴定中间锦鸡儿干旱条件下的microRNA[J]. 内蒙古农业大学,2021,23(3):51-57.
APA	苏雨萌.,张旭婷.,特日格乐.,田敏.,尚晓蕊.,...&王瑞刚.(2021).高通量测序鉴定中间锦鸡儿干旱条件下的microRNA.中国农业科技导报,23(3),51-57.
MLA	苏雨萌,et al."高通量测序鉴定中间锦鸡儿干旱条件下的microRNA".中国农业科技导报 23.3(2021):51-57.