干旱区生态环境知识资源中心(Arid): 荒漠植物四合木(Tetraena mongolica Maxim.) EST-SSR标记的识别与开发

Arid

	荒漠植物四合木(Tetraena mongolica Maxim.) EST-SSR标记的识别与开发
其他题名	Identification and Development of the EST-SSR Markers in the Desert Plant Tetraena mongolica Maxim
	黄蕾; 贾媛媛; 张雅楠; 李佳彬; 党振华
来源期刊	植物遗传资源学报
ISSN	1672-1810
出版年	2021
卷号	22 期号:2 页码:540-549
中文摘要	四合木(Tetraena mongolica Maxim.)是内蒙古东阿拉善-西鄂尔多斯地区的特有珍稀植物,为古地中海孑遗物种。自然环境恶化和人类活动干扰,使其生境发生了严重的破碎化,甚至消失。有限的分子标记限制了对该植物种质遗传多样性和生存现状的认识。本研究通过转录组测序,构建了含有119603条Unigenes的四合木表达序列文库,系统识别了表达序列标签简单重复序列(EST-SSR,expressed sequence tag-simple sequence repeat),进行了SSR位点的特性分析和标记开发。结果显示,在21065条Unigenes中共检测出25721个SSR位点;SSRs在四合木转录组中的出现频率为21.51%,单、二和三核苷酸重复最丰富的类型为A/T、AG/CT和ATC/ATG;在选取的39个SSR中,32个具有多态性 ,在48个个体中共鉴定出140个条带,Ho和He的变化范围分别为0.167~0.792和0.252~0.789,均值分别为0.462和0.579 ,PIC值变化范围为0.218~0.746,均值为0.518。本研究所开发SSR标记可进一步应用于四合木遗传结构和适应进化机制的研究中,能推动该种质资源的保护、开发与利用。
英文摘要	Tetraena mongolica Maxim. is an endangered species that originated from the Tethys Ocean, and is now endemic to the Eastern Alxa-Western Ordos area. In the recent decades,this species has constantly suffered from environment deterioration and interference of human activities,thus leading to the habitat severely destructed and even disappeared. Rare information of molecular markers has limited the knowledge and protection for this germplasm. In the present study,we sequenced and assembled the transcriptome of T. mongolica Maxim.,and obtained a dataset that contains 119603 transcribed sequences of the species. Among the assembled transcripts,25721 Expressed Sequence Tag-Simple Sequence Repeat (EST-SSR) were detected from 21065 Unigenes,with the occurrence frequency of 21.51%. The most abundant motifs type of mononucleotide, dinucleotide,and trinucleotide were A/T,AG/CT,and ATC/ATG,respectively. Of the 39 SSR selected loci, 32 could amplify a total of 140 alleles in 48 individuals. The observed heterozygosity(Ho) ranged from 0.167 to 0.792 and the expected heterozygosity (He) from 0.252 to 0.789,with mean values of 0.462 and 0.579, respectively. The polymorphism information content (PIC) value ranged from 0.218 to 0.746,with an average value of 0.518. Collectively,SSR markers developed in this study might be useful to analyze the genetic structure and adaptive evolutionary mechanisms of T. mongolica Maxim. and lay a foundation for conservation, development and utilization of the germplasm.
中文关键词	四合木 ; 转录组 ; 标记开发
英文关键词	EST-SSR Tetraena mongolica Maxim. transcriptome EST-SSR marker development
类型	Article
语种	中文
收录类别	CSCD
WOS类目	Plant Sciences
CSCD记录号	CSCD:6935942
资源类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/354541
作者单位	黄蕾, 内蒙古大学生态与环境学院, 蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室;;内蒙古省部共建草地生态学国家重点实验室培育基地, 呼和浩特, 内蒙古 010021, 中国. 贾媛媛, 内蒙古大学生态与环境学院, 蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室;;内蒙古省部共建草地生态学国家重点实验室培育基地, 呼和浩特, 内蒙古 010021, 中国. 张雅楠, 内蒙古大学生态与环境学院, 蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室;;内蒙古省部共建草地生态学国家重点实验室培育基地, 呼和浩特, 内蒙古 010021, 中国. 李佳彬, 内蒙古大学生态与环境学院, 蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室;;内蒙古省部共建草地生态学国家重点实验室培育基地, 呼和浩特, 内蒙古 010021, 中国. 党振华, 内蒙古大学生态与环境学院, 蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室;;内蒙古省部共建草地生态学国家重点实验室培育基地, 呼和浩特, 内蒙古 010021, 中国.
推荐引用方式 GB/T 7714	黄蕾,贾媛媛,张雅楠,等. 荒漠植物四合木(Tetraena mongolica Maxim.) EST-SSR标记的识别与开发[J],2021,22(2):540-549.
APA	黄蕾,贾媛媛,张雅楠,李佳彬,&党振华.(2021).荒漠植物四合木(Tetraena mongolica Maxim.) EST-SSR标记的识别与开发.植物遗传资源学报,22(2),540-549.
MLA	黄蕾,et al."荒漠植物四合木(Tetraena mongolica Maxim.) EST-SSR标记的识别与开发".植物遗传资源学报 22.2(2021):540-549.