Knowledge Resource Center for Ecological Environment in Arid Area
| 无芒隐子草全基因组水平内含子长度多态性（ILP）分子标记的开发和应用 | |
| 张宇飞 | |
| 出版年 | 2019 |
| 学位类型 | 硕士 |
| 学位授予单位 | 兰州大学 |
| 中文摘要 | 无芒隐子草(Cleistogenes songorica)属于禾本科隐子草属,是荒漠草地旱生种,为荒漠草原的建群种和优势种。它具有饲用价值高、耐寒、耐旱等优良特性,可作为饲草、草坪草和生态草。目前,在无芒隐子草中还没有大规模开发分子标记的报道,限制了无芒隐子草分子生物学研究与育种工作。本研究在全基因组水平开发了高效的无芒隐子草内含子长度多态性(Intron Length Polymorphism,ILP)分子标记,并验证了无芒隐子草ILP(Cs_ILP)标记在其他物种中的通用性,为无芒隐子草的分子标记辅助育种、居群遗传学研究等工作奠定基础。主要研究结果如下:1.从无芒隐子草全基因组中检索出220,165个内含子,其中有181,681个内含子可以注释到27,314个基因,并定位到无芒隐子草的20对染色体上。对这些基因进行了生物信息学分析,有20,503个基因被注释到了GO数据库,9,604个基因被注释到KEGG数据库。根据检索出的内含子序列,设计了91,170对Cs_ILP标记引物。共有84,635个Cs_ILP标记可以定位到染色体上。2.利用417对Cs_ILP标记引物,对23个隐子草属植物居群进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增得到402个等位基因(Na),期望杂合度(He)的平均值为0.61,多态信息含量(PIC)的平均值为0.56。Cs_ILP标记能很好地区分隐子草属不同种的居群,对地理分布不同的无芒隐子草居群也有一定的区分作用。说明Cs_ILP标记适用于隐子草属遗传多样性研究、系统分类研究等。3.用无芒隐子草及其他10种植物对Cs_ILP标记进行了通用性分析表明,这些植物材料中Cs_ILP标记的通用率为58.40%,构建系统发育树能将不同科的植物材料区分开。说明Cs_ILP标记能在不同科的物种中表达通用性。 |
| 中文关键词 | 无芒隐子草 ; 内含子长度多态性 ; 基因注释 ; 遗传多样性 ; 通用性 |
| 语种 | 中文 |
| 国家 | 中国 |
| 中图法分类号 | S543.9 |
| 来源机构 | 兰州大学 |
| 资源类型 | 学位论文 |
| 条目标识符 | http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/337745 |
| 作者单位 | 兰州大学 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张宇飞. 无芒隐子草全基因组水平内含子长度多态性（ILP）分子标记的开发和应用[D]. 兰州大学,2019. |
| 条目包含的文件 | 条目无相关文件。 | |||||
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