干旱区生态环境知识资源中心(Arid): 基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发

Arid

	基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发
其他题名	Analysis of microsatellite loci from Calliptamus italicus (Orthopera:Acrididae) based on a transcriptome dataset
	桑迪; 徐叶; 王伟亮; 向敏; 季荣; 王晗
来源期刊	应用昆虫学报
ISSN	2095-1353
出版年	2020
卷号	57 期号:3 页码:658-666
中文摘要	【目的】意大利蝗Calliptamus italicus (L.)是新疆荒漠半荒漠草原重要害虫。本研究利用已获得的意大利蝗转录组数据,鉴定其微卫星位点。【方法】使用MISA筛选SSR位点,利用Primer Premier5设计引物,通过PCR扩增对引物进行验证。【结果】在意大利蝗转录组数据库中,共检测出156500个SSR位点,分布在126369条unigene中。其中,单核苷酸重复为60.88%,二核苷酸重复为23.58%,三核苷酸重复和四核苷酸重复分别为12.99%和2.04%。单核苷酸重复主要为A/T(44.38%),二核苷酸重复主要为AC/GT(12.99%)和AG/CT(8.05%)。基于筛选的SSR位点设计引物,随机挑选24对引物,对10个不同地理种群意大利蝗成虫DNA样品进行PCR扩增,共有6对引物扩增成功。【结论】本研究利用转录组数据发掘意大利蝗SSR位点,为意大利蝗分子标记、种群遗传及功能基因等研究奠定基础。
英文摘要	[Objectives]To investigate genetic variation in Calliptamus italicus(L.),an important pest of desert and semi-desert grasslands in Xinjiang.[Methods]Microsatellite loci were analyzed from the transcriptome dataset of C.italicus,and primers designed for PCR amplification.SSR loci were identified using MISA,and primers were designed using Primer 5 for experimental validation.[Results]In total,156 500 SSR loci distributed in 126 369 unigenes were detected.The majority of these were mono-nucleotides (60.88%),followed by di-nucleotides (23.58%),tri-nucleotides (12.99%),and tetra-nucleotides (2.04%).The most abundant mono-nucleotide repeat motif was A/T (44.38%).The dominant motif among the di-nucleotide repeat units was AC/GT (12.99%),followed by AG/CT (8.05%).24 primer pairs were randomly selected to validate SSR loci detected with genomic DNA from multiple individuals from 10 different geographic populations.6 primer pairs amplified the expected products.[Conclusion]Based on transcriptome data,156 500 SSR loci were identified which can provide a foundation for research on molecular markers,population genetics and functional genes of C.italicus.
中文关键词	意大利蝗 ; 微卫星 ; 转录组 ; 分子标记
英文关键词	Calliptamus italicus microsatellite transcriptome molecular marker
类型	Article
语种	中文
收录类别	CSCD
WOS研究方向	Agriculture
CSCD记录号	CSCD:6786315
来源机构	新疆师范大学
资源类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/336815
作者单位	桑迪, 新疆师范大学生命科学学院, 中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心, 乌鲁木齐, 新疆 830054, 中国.; 徐叶, 新疆师范大学生命科学学院, 中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心, 乌鲁木齐, 新疆 830054, 中国.; 向敏, 新疆师范大学生命科学学院, 中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心, 乌鲁木齐, 新疆 830054, 中国.; 季荣, 新疆师范大学生命科学学院, 中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心, 乌鲁木齐, 新疆 830054, 中国.; 王晗, 新疆师范大学生命科学学院, 中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心, 乌鲁木齐, 新疆 830054, 中国.; 王伟亮, 新疆玛纳斯县蝗虫鼠害预测预报防治站, 玛纳斯, 832200.
推荐引用方式 GB/T 7714	桑迪,徐叶,王伟亮,等. 基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发[J]. 新疆师范大学,2020,57(3):658-666.
APA	桑迪,徐叶,王伟亮,向敏,季荣,&王晗.(2020).基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发.应用昆虫学报,57(3),658-666.
MLA	桑迪,et al."基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发".应用昆虫学报 57.3(2020):658-666.