干旱区生态环境知识资源中心(Arid): 基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析

Arid

	基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析
其他题名	Analysis of microsatellite loci from Gasterophilus pecorum based on transcriptome datasets
	陈亘浓 1; 黄河清 1; 张博茹 2; 张科 1; 马新平 3; 李凯 1
来源期刊	环境昆虫学报
ISSN	1674-0858
出版年	2018
卷号	40 期号:6 页码:1219-1224
中文摘要	黑腹胃蝇是中国新疆荒漠地区马科动物马胃蝇蛆病最主要的病原体.本研究基于已获得的黑腹胃蝇的转录组数据,利用MISA软件(1.0版)对黑腹胃蝇转录组中1 kb以上的Unigene进行SSR位点分析.在黑腹胃蝇转录组25 847条Unigenes中筛选得到SSR总数为12 187个,存在于8 037条Unigenes当中,出现频率为31.09%.微卫星的序列中单碱基(38.39%)和三碱基(33.45%)为优势重复类型.研究共发现103种重复基元,出现最多的为A/T(37.52%), 其次是AC/GT(13.10%).由三碱基构成的SSR基元占比较多,分别为15 bp(20.94%), 12 bp(14.48%)和18 bp(14.01%).本研究是黑腹胃蝇开发EST-SSR的基础研究,为黑腹胃蝇的遗传多样性分析、变异水平分析和功能基因发掘奠定基础.
英文摘要	Equids are faced with a threat of Gasterophilosis in the desert spette of Xinjiang,China, where Gasterophilus pecorum (Fabricius) (Diptera: Gasterophilidae) is the dominant botfly species. Here we analyzed the transcriptome of G. pecorum to identify EST-SSR loci and their feature. In this study,a total of 12 187 EST-SSR loci was found from 8 037 unigenes,with a frequency of 31.09%. The microsatellite dominated the repeated types with Mononucleotide (38.39%) and Trinucleotide (33.45%). A total of 103 kinds of repeat motifs found in the transcriptome,the most frequently occurring A/T (37.52%), followed by AC /GT (13.10%). SSRs composed of and trinucleotide accounted for 15 bp (20.94%), 12 bp (14.48%) and 18 bp (14.01%), respectively. This study laid the foundation for the study of genetic diversity,variation analysis and functional gene discovery of D. melanogaster.
中文关键词	黑腹胃蝇 ; 转录组 ; 高通量测序 ; 微卫星
英文关键词	Gasterophilus pecorum transcriptome high-throughput sequencing microsatellite
语种	中文
国家	中国
收录类别	CSCD
WOS类目	ENTOMOLOGY
WOS研究方向	Entomology
CSCD记录号	CSCD:6406715
来源机构	北京林业大学
资源类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/237870
作者单位	1.北京林业大学自然保护区学院, 北京 100083, 中国; 2.北京林业大学自然保护区学院;;秦皇岛林业局, ;;, ;;秦皇岛, 北京;;河北 100083;;066004, 中国; 3.新疆野马繁殖研究中心, 乌鲁木齐, 新疆 831700, 中国
推荐引用方式 GB/T 7714	陈亘浓,黄河清,张博茹,等. 基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析[J]. 北京林业大学,2018,40(6):1219-1224.
APA	陈亘浓,黄河清,张博茹,张科,马新平,&李凯.(2018).基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析.环境昆虫学报,40(6),1219-1224.
MLA	陈亘浓,et al."基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析".环境昆虫学报 40.6(2018):1219-1224.