干旱区生态环境知识资源中心(Arid): 基于基因组De novo测序的离子束重组沙漠寡营养细菌的16S rRNA基因研究

Arid

	基于基因组De novo测序的离子束重组沙漠寡营养细菌的16S rRNA基因研究
其他题名	Study on 16S rRNA Gene of Desert Oligotrophic Bacteria Recombined by Ion Beam Based on De novo Sequencing
	包珊珊; 毛培宏
来源期刊	基因组学与应用生物学
ISSN	1674-568X
出版年	2017
卷号	36 期号:1 页码:277-280
中文摘要	为了进一步理解低能N~+注入在沙漠寡营养细菌(DOB)系统发育与进化中的作用,本研究基于DOB基因组De novo测序数据,应用生物信息学方法对3株离子束重组菌株DOB073、DOB113和DOB981的16S rRNA基因的突变与进化进行了分析。分析表明,3株离子束重组DOB的16S rRNA基因拷贝数均比原始菌株增加了5个,并分别在C1区、V1区、V2区、V4区、V6区、V7区和V9区发生了碱基突变。进化分析显示DOB981的进化速度快于DOB073和DOB113。16S rRNA的保守二级结构预测表明,9个保守二级结构所处碱基位置分别为:80~120、120~240、240~360、360~480、400~520、640~760、760~880、800~920和1 420~1 540。本研究为低能离子注入介导的原核微生物进化提供了直接的分子证据。
英文摘要	In order to further understand the role of low energy N~+ implantation in the system development and evolution of desert oligotrophic bacteria (DOB), the mutation and evolution of 16S rRNA genes of three ion beam reecombinant strains DOB073, DOB 113 and DOB981 were analyzed based on DOB genome by De novo sequencing data and bioinformatics methods in this study. The results showed that the 16S rRNA gene copy numbers of three ion beam recombinant DOB were five more than the wildtype strain, and there were base mutation occurred in the regions of C1, V1,V2, V4, V6, V7 and V9. Evolutionary analysis showed that the evolution speed of DOB981 was faster than that of DOB073 and DOB113. The prediction of conserved secondary structure of 16S rRNA showed that the base positions of nine conserved secondary structures were: 80~120,120~240,240~360,360~480,400~520, 640~760,760~880,800~920 and 1 420~1 540. This study provided a direct molecular evidence for the evolution of prokaryotic microorganisms that mediated by low energy ion implantation.
中文关键词	低能N~+注入 ; 沙漠寡营养细菌(DOB) ; 基因组 ; 进化
英文关键词	16S rRNA Low-energy N~+ implantation Desert oligotrophic bacteria Genome 16S rRNA Evolution
语种	中文
国家	中国
收录类别	CSCD
WOS类目	BIOLOGY
WOS研究方向	Life Sciences & Biomedicine - Other Topics
CSCD记录号	CSCD:5923976
来源机构	新疆大学
资源类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/236212
作者单位	新疆大学,物理科学与技术学院,离子束生物技术中心, 乌鲁木齐, 新疆 830046, 中国
推荐引用方式 GB/T 7714	包珊珊,毛培宏. 基于基因组De novo测序的离子束重组沙漠寡营养细菌的16S rRNA基因研究[J]. 新疆大学,2017,36(1):277-280.
APA	包珊珊,&毛培宏.(2017).基于基因组De novo测序的离子束重组沙漠寡营养细菌的16S rRNA基因研究.基因组学与应用生物学,36(1),277-280.
MLA	包珊珊,et al."基于基因组De novo测序的离子束重组沙漠寡营养细菌的16S rRNA基因研究".基因组学与应用生物学 36.1(2017):277-280.