干旱区生态环境知识资源中心(Arid): 草麻黄高通量转录组分析及黄酮类代谢途径相关基因的鉴定

Arid

	草麻黄高通量转录组分析及黄酮类代谢途径相关基因的鉴定
其他题名	Characterization of transcriptome reveals pathway of flavonoids in Ephedra sinica Stapf
	马婧 1; 成铁龙 1; 孙灿岳 2; 邓楠 1; 史胜青 1; 江泽平 1
来源期刊	浙江农业学报
ISSN	1004-1524
出版年	2016
卷号	28 期号:4 页码:609-617
中文摘要	草麻黄(Ephedra sinica Stapf)植物富含黄酮类和生物碱类化合物,具有重要药用价值,并且适应性强,在防风固沙、改善沙漠环境等方面具有重要作用。通过对已测序草麻黄转录组的原始数据进行重新组装、拼接等生物信息学分析,共得到7 947 954个clean reads,13 389条unigene序列。经过Nr,KOGs,GO,KEGG和Swiss-Prot等数据库分析后,获得10 481个Nr注释,4 533个KOG功能注释,7 121个GO功能注释,5 833个KEGG注释,8 039个Swiss-Prot注释,并利用KEGG通路分析技术发掘草麻黄中参与黄酮类化合物代谢途径相关基因,为克隆草麻黄黄酮合成关键基因、黄酮类化合物的生物合成提供重要的遗传资源,同时为其抗逆机制的研究和药用价值开发提供依据。
英文摘要	Ephedra sinica Stapf is not only an important medicinal plant rich in flavonoids and alkaloids, but also an important sand-fixing plant in the desert environment. In this study, the transcriptome of E. sinica from SRA database in GenBank was further analyzed by bioinformatics method. 7 947 954 clean reads and 13 389 unigenes were acquired after de novo assembly; 10 481 annotations were acquired from Nr database, 4 533 from KOG database, 7 121 from GO database, 5 833 from KEGG database, 8 039 from Swiss-Prot database after function annotation against five databases. We also discovered a series of unigenes which were associated with flavonoids biosynthesis by KEGG pathway analysis, which benefits the cloning of related genes and biosynthesis of related components in flavonoids pathway. This study could provide references for understanding the resistance mechanism of E. sinica and utilization of its medicinal value in the future studies.
中文关键词	草麻黄 ; 转录组 ; 高通量测序 ; 黄酮类化合物
英文关键词	Ephedra sinica Stapf transcriptome high-throughput sequencing flavonoids
语种	中文
国家	中国
收录类别	CSCD
WOS类目	AGRONOMY
WOS研究方向	Agriculture
CSCD记录号	CSCD:5721383
来源机构	中国林业科学研究院林业研究所
资源类型	期刊论文
条目标识符	http://119.78.100.177/qdio/handle/2XILL650/235289
作者单位	1.中国林业科学研究院林业研究所, 国家林业局林木培育重点实验室, 北京 100091, 中国; 2.南宁树木园, 南宁, 广西 530031, 中国
推荐引用方式 GB/T 7714	马婧,成铁龙,孙灿岳,等. 草麻黄高通量转录组分析及黄酮类代谢途径相关基因的鉴定[J]. 中国林业科学研究院林业研究所,2016,28(4):609-617.
APA	马婧,成铁龙,孙灿岳,邓楠,史胜青,&江泽平.(2016).草麻黄高通量转录组分析及黄酮类代谢途径相关基因的鉴定.浙江农业学报,28(4),609-617.
MLA	马婧,et al."草麻黄高通量转录组分析及黄酮类代谢途径相关基因的鉴定".浙江农业学报 28.4(2016):609-617.